Retour dans l'univers de Pandore, ou du moins ce qu'il en reste... Après les événements tragiques survenus durant l'invasion des Primiens et la perte de vingt-trois planètes, le Commonwealth panse ses plaies. La résistance humaine s'organise afin de contre-attaquer et le Commonwealth tente de bâtir une armada de nouveaux vaisseaux aux armes terrifiantes pour en finir une bonne fois pour toutes avec Prime. Mais, dans l'ombre, des traîtres veulent empêcher l'humanité de triompher. Le mystérieux Arpenteur des étoiles cherche à détruire notre civilisation, aidé par ses serviteurs aux immenses pouvoirs, tandis que l'Intelligence Artificielle hésite à intervenir dans le conflit. Le conflit interstellaire prend des proportions jamais atteintes et personne ne sera épargné par les retombées. Voici venir la guerre, l'horreur et la destruction. Voici venir Judas déchaîné !