De nouvelles cartes ne cessent de faire leur apparition ! Sakura va devoir toutes les capturer... Depuis qu'elle est au collège, Sakura s'est fait une nouvelle amie ! Malgré un emploi du temps chargé, elle poursuit sa guète des Clear Cards. Un soir, en plein repas avec Tõya et Yukito, elle a soudain une absence et se retrouve entourée par des ténèbres étranges et effrayantes... C'est alors qu'apparaît une mystérieuse silhouette et une horloge. Qu'est-ce que ce personnage énigmatique essaye de faire comprendre à Sakura ?