Résumé des épisodes précédents : Shinichi Kudo est un détective lycéen dont le corps a rapetissé suite à l'ingestion d'un poison fabriqué par une mystérieuse organisation. Il habite chez son amie d'enfance, Ran, sous l'identité temporaire de Conan Edogawa. Tout ce que l'on sait sur L'Organisation est qu'elle multiplie les actes criminels dans l'ombre pour récupérer d'importantes sommes d'argent, qu'elle fabrique d'étranges médicaments et qu'elle essaie de réunir les meilleurs programmeurs informatiques. Un jour, au cours d'une enquête menée par Kogoro, Conan met la main sur le journal intime tenu par un ingénieur informatique qui a été assassiné et découvre un indice sur les hommes en noir. En se faisant passer pour la victime, il entre en contact avec l'organisation et fixe un rendez-vous pour une rencontre, auquel il se rend en compagnie du professeur Agasa. Mais en cours de route, la voiture du professeur tombe en panne. Pris en stop par un couple, Conan comprend très vite qu'il s'agit en fait de deux braqueurs de bijouterie en fuite ?!